Rohelise kooli programmil on kolm struktuurset elementi:

1. Seitsmest sammust koosnev tegevusjuhis
2. Käsitletavad teemad
3. Keskkonnamärgise “Roheline lipp” taotlemine

Edukaks tegevuseks on vajalik haridusasutuse juhtkonna ja hoolekogu toetus. Võtmeküsimuseks on töötajate aktiivne kaasamine, pikaajaline pühendumine ja valmidus kaasata lapsi/õpilasi arutellu ning otsustusprotsessidesse. Koolides ongi kriitilise tähtsusega õpilaste initsiatiiv ja võimalus kogeda muutuste loomist.